L'approche diagnostique des céphalées est devenue une nécessité pour proposer des traitements manuels cohérents et cartésiens. Il doit comporter un diagnostic d'exclusion médicale et un diagnostic différentiel entre les céphalées d'origine cervicale et les céphalées de tension et les migraines.
L'histoire de la maladie, la réduction de mobilité cervicale, la contracture du SCOM lors d'un test cranio-cervical en flexion, le test d'extension cervicale haute (O-C1 et C2-C3), le test de flexion rotation de C1-C2, le test de pression sur le crâne, et la palpation des points trigger permettent de réaliser un diagnostic manuel différentiel.